顯微鏡是用來觀察樣品微觀形貌結構的重要工具，隨著科研人員對于顯微鏡性能要求日益增強，如何確定合適的光學顯微系統的配置就顯得尤為重要。合試且合理的配置會使實驗人員在日常的工作中使用顯微鏡得心應手事半功倍。

　　確定顯微鏡的配置主要從以下幾個方面入手：

　　1， 樣本類型。透明和不透明的樣本將決定了采用不同的光照模式，透射式和反射式。其次，有些生物樣本和工業樣本還對顯微系統有特殊的要求，例如：活細胞培養，圓晶專用臺，熱臺等等。

　　2， 分辨率需求。正常光學顯微鏡系統理論放大極限是兩千倍，超過這個分辨率就需要使用激光共聚焦系統，能達到亞微米級別，如果要求更高，想實現納米級別的觀察，那就需要使用電子顯微鏡或者超分辨率系統了。針對于光學顯微鏡來說，放大倍數的要求也就決定了物鏡的搭配。

　　3， 樣品大小。不同的樣品大小決定了顯微鏡的機架結構，正置還是倒置。同時，也決定了配置何種大小的載物臺。

　　4， 自動化程度要求。隨著社會的發展，自動化也成為了顯微鏡一個重要的參數，例如;自動對焦，自動XY臺，自動光強，全自動分析軟件等。

　　5， 特殊要求。不同的實驗可能對于顯微鏡有著特殊的要求，例如：需要使用熒光光源，需要使用dic觀察模式，需要透反射兩用，明暗場觀察，斜射觀察等等。這些也是顯微鏡配置的重要參考條件。